Giai đoạn ba đầu thường xảy ra sau một đến mười năm sau khi bị nhiễm trùng ban đầu. Khoảng thời gian này có thể dài hơn nhiều. Thời kỳ này được đặc trưng bởi sự hiện diện của kẹo cao su ảnh hưởng đến da, màng nhầy và xương. Các khối u được gọi là u hạt mạn tính và đại diện cho sự bất lực của hệ thống miễn dịch để loại bỏ hoàn toàn vi sinh vật hoặc vi sinh vật.
Ở da, các mảng xuất hiện dưới dạng phát ban hoặc loét theo nhóm dưới dạng hình vòng cung hoặc hình tròn, và thường không đi kèm với đau hoặc ngứa và tăng diện tích các điểm ở trung tâm, nhưng trong lòng bàn tay và phát ban da gót chân được phủ một lớp vỏ dày, tròn và không đau, và khi những vết loét này bị ố dẫn đến biến dạng của cơ thể và các khu vực bị ảnh hưởng nhiều nhất là mặt, đầu và chân.
Trong xương, sắc tố dẫn đến sự phá hủy xương sọ và sưng ở các xương khác như xương chân và nghệ và cũng dẫn đến sự phá hủy xương mũi và tạo ra hình dạng mũi đặc biệt ở bệnh nhân với bệnh giang mai cấp ba và là hành khách của người Ba Tư.